臨床腦炎恢復期一般是6個月，如果6個月以內無其它症狀或後遺症表現提示好轉痊癒。有時根據不同腦炎和不同病情存在個體差異，普通病毒性腦炎和細菌性腦膜炎如果急性期無併發症，無腦實質受損，臨床經驗提示穩定2-4周很少有病情反覆。此時複查腦電圖和磁共振大多數都可以判斷是否痊癒。如果臨床無特殊不適則無需檢查，繼續觀察即可。

但部分腦炎如果有腦實質損傷例如腦軟化、腦積水等，即使出院以後6個月沒有臨床症狀，只要腦病灶存在，同樣需要擔心今後可能出現繼發性癲癇、頭痛等後遺症。