大部分自身免疫性腦炎，如果及時、適當治療可能並不會對壽命造成影響。所以要看患者腦炎的類型，是否合併腫瘤，以及是否得到及時、有效治療，與預後都有較明確的關係。

自身免疫性腦炎涵蓋範圍比較廣，疾病預後與不同類型有較大關係，特殊抗體相關的自身免疫性腦炎，比如NMDA腦炎(N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎)，總體預後較好，80%患者治療之後能夠好轉，尤其是早期便開始免疫治療的患者預後較好。另外抗LGI1抗體腦炎的病死率大約在10%以下，大部分患者不會影響到壽命。如果是重症患者可能相對較重。此外抗GABA受體腦炎且合併腫瘤患者，死亡率大約在10%。