腦炎的嚴重程度決定是否會留下後遺症，部分腦炎患者可以痊癒，而部分患者甚至付出生命代價。由於侵害腦部的病毒較弱或較少，因此部分患者能痊癒，反之則有可能留下後遺症，嚴重時危及生命。若病毒損害部位位於額葉或顳葉，影響較小；若損害位於間腦部位，可能危及生命。腦炎對其他臟器影響較小，若後期護理得當，腦炎可痊癒。腦炎後遺症臨床常表現為肢體運動障礙，精神方面改變，嚴重時可危及生命。