因腦炎在神經系統疾病中屬於可治性疾病，故儘管疾病種類較多，但大多數腦炎患者經過積極、有效的治療，可得到治癒，但部分類型腦炎的死亡率仍較高，嚴重時也可能存在後遺症，腦炎根據病因可分為以下兩大類：

1、感染性腦炎：為感染原引起的腦炎，例如臨床常見病毒性腦炎、化膿性腦炎、結核性腦炎、隱球菌性腦炎，經過積極、有效的治療，併發症處理良好，腦炎可得到治癒。但由於朊病毒引起的腦炎，臨床死亡率較高；

2、免疫性腦炎：大多數免疫性腦炎經過正確及時的免疫治療，可得到治癒，但部分危重、反覆復發腦炎仍會導致患者死亡。