自身免疫性腦炎根據疾病輕重程度不同，患者死亡率各異，如NMDA腦炎死亡率和致殘率較高，如未盡早識別、診斷，未給予相應免疫治療患者預後相對較差，據估測死亡率大概在10%-20%，具體死亡率與醫院救治條件、診療手段、診療水平有關。

臨床上多數患者出現呼吸肌麻痺，其與中樞性過度通氣、通氣不足有關，常面臨氣管插管、機械通氣等情況。同時自身免疫性腦炎存在藥物不敏感，通常預後較差，死亡率偏高，需要積極護理。所以患有自身免疫性腦炎應到醫院就診，積極配合醫生、積極治療，預後相對較好，但如果錯過最佳治療時機，預後比較差。