總體來說，如果是青年自身免疫性腦炎患者伴有良性腫瘤，而且早期發現，其治癒率會比較高。自身免疫性腦炎的治癒情況與年齡層以及病因相關，如果青年女性的盆腔核磁共振或者超聲發現有卵巢畸胎瘤，畸胎瘤一般是良性腫瘤。這種情況首先可以進行腫瘤的切除以減少抗原的產生，其次可以應用免疫抑制性的藥物，比如靜點人免疫球蛋白進行抗體的中和和受體的封閉之後，這類患者的預後比較好。

對於老年人，有些患者表現為邊緣葉腦炎，可能早期對腫瘤的篩查比較困難。如果發現腫瘤後再治療自身免疫性腦炎，可能已經到了腫瘤的晚期，這種情況下預後相對比較差。