病毒性腦炎頭痛、頭暈可以恢復，也有可能無法恢復，主要依據病毒性腦炎對腦實質損傷是否嚴重，有無腦軟化。如果沒有腦袋軟化灶一般可以恢復，對症治療以後恢復速度較快。如果存在腦軟化灶，病灶可以長期存在，甚至終身存在，相對應頭痛、頭暈較難恢復。

病毒性腦炎診斷可能存在疑問，如果頭顱磁共振正常，病毒性腦炎後頭痛、頭暈總是反覆，需要重新考慮頭痛、頭暈到底是否真由病毒性腦炎引起。