細菌性腦炎和病毒性腦炎區別包括以下幾點：

1、兩者病原體不同：一個是細菌，一個是病毒。細菌和病毒生物習性不同，導致細菌性腦炎和病毒性腦炎好發年齡不同，好發時間不同，細菌性腦炎多見於小嬰兒，因為血腦屏障發育不完全，一年四季都可以發生。病毒性腦炎小嬰兒相對反而少見，存在季節流行性，細菌感染容易出現腦膜炎，腦膜炎加重才會出現腦膜腦炎，因此腦膜刺激徵較明顯才會出現腦炎症狀，病毒感染容易出現腦炎，腦膜刺激徵較少見；

2、用藥不同：細菌性腦炎主要應用抗生素，病毒性腦炎部分可以用特效抗病毒藥物，大部分都以對症治療為主；

3、兩者後遺症不同，細菌性腦炎較特異性後遺症包括梗阻性腦積水，硬膜下積液、積膿，腦膿腫等，病毒性腦炎後遺症中腦軟化較多見。