病毒性腦炎治療後可遺留不同後遺症，治療方法不同，需要多學科共同治療。病毒性腦炎常見後遺症包括癲癇、智力發育障礙、情緒障礙、運動功能異常、聽力障礙等。治療如下：

1、繼發癲癇：需要接受抗癲癇藥物治療，大部分患兒可以控制癲癇發作，需要定期複查、遵從醫囑，避免自行停藥或減藥。部分患兒抗癲癇藥物治療療效較差可以考慮生酮飲食、迷走神經刺激術、癲癇外科手術等治療；

2、智力發育障礙：需要接受康復治療或特殊教育；

3、情緒障礙：需要心理科或精神科醫生協同參與診治；

4、運動障礙：根據嚴重程度需要康復治療，良好護理較為關鍵；

5、聽力障礙：需要耳鼻喉科醫生參與，部分甚至需要配戴助聽器。

總之，病毒性腦炎可遺留不同程度後遺症，輕重程度不相同，重者可能需要鼻飼餵養、呼吸機輔助通氣等治療。輕者症狀輕微，不影響正常學習和生活時，治療不能一概而論。需要根據具體病情、相關科室共同討論，多學科共同參與診治，以最大可能提高患兒生活質量。