對於病毒性腦炎產生的腦實質損害，根據損害程度不同可能會產生相應的後遺症狀，或者神經系統併發症狀。針對以上情況，尤其是皰疹病毒性腦炎，影響顱內邊緣系統，導致情緒、行為、認知功能以及精神行為異常。

如果是單純腦膜炎，一般是由病毒引起的中樞神經系統感染，一定程度上呈自限性改變。自限性是指不經過藥物治療，高峰期過去後會慢慢限制病毒的發展，最終自愈。一般單純病毒性腦膜炎自愈後不會留任何後遺症。