青蒿素臨床上不廣泛應用治療系統性紅斑狼瘡，青蒿素對於狼瘡的治療，目前僅限於臨床藥物研究試驗階段，還沒廣泛推廣到臨床應用。

對於系統性紅斑狼瘡，目前治療手段比較多，包括糖皮質激素以及免疫抑制劑，比如環磷酰胺、嗎替麥考酚酯、他克莫司等。系統性紅斑狼瘡尚不能完全根治，但早期診斷以及正規治療，大部分病情會得到很好的控制，系統性紅斑狼瘡患者，應該去風溼免疫科進行科學的治療，並定期複查，大部分病情會得到控制。