重症支原體肺炎有時會累及重要器官，比如引起心臟、肺、腎、神經系統等器官的功能衰竭，不一定會完全恢復到起病前的功能狀態，可能會遺留慢性心功能不全、慢性呼吸功能衰竭、慢性腎功能不全等情況，中樞神經系統損害最為嚴重，因為病情重、進展快，甚至會危及生命。

少數患兒是以肺外併發症為首發症狀來就診，易造成誤診、漏診，應該引起重視、及早就醫。經過肺炎支原體感染過後，肺部有可能會繼發支氣管擴張、閉塞性支氣管炎、細支氣管炎等，但總體相對較輕，經過及早就醫和醫生合理治療預後較好。如果發生閉塞性支氣管炎，建議長期霧化，避免肺功能損傷，有利於併發症恢復。