臨床感染支原體以後，會引起咳嗽、咳痰甚至肺炎的情況，病程的長短需結合患病部位或者影響的程度、發病的範圍決定。如果是支原體肺炎，痊癒週期在2周左右，如果支原體肺炎很重，影響的肺葉不只是小片狀，而是大片的或者幾個肺葉段，治療週期肯定要比一個葉段發病的時間要長。
所以具體的病程長短還是和每個人感染的部位、感染程度和性質有關係，要綜合考慮。對於一般常見的支原體肺炎，治療週期是10-14天的療程，基本能治癒。