亞急性甲狀腺炎是因為病毒引起，具有自限性，不進行特殊處理也可以自愈。但在疾病過程中，病人有時很痛苦，比如會出現病毒感染的發燒、全身肌肉痠痛、食慾不好，疾病造成的一過性甲狀腺毒症，病人會有甲亢的短期表現，比如多汗、煩躁、心動過速等症狀。

對於症狀輕的病人，可以用非甾體消炎藥，比如布洛芬、吲哚美辛等藥物改善症狀，也可以減輕炎症反應。但對於症狀較重的病人，應用非甾體消炎藥，仍然疼痛、體溫增高，效果不好，也可以用糖皮質激素，比如潑尼松，一般7-8天症狀明顯改善以後，可快速減量。

對於在亞急性甲狀腺炎期間出現的一過性甲亢，可能需要對症處理，比如用β受體阻滯劑，心得安或者倍他樂克改善症狀。但是特別要注意，患者最好不要用抗甲狀腺激素的藥物。