雌性激素低主要看卵巢功能狀態，如卵巢早衰、功能下降，化驗指標裡可見雌激素水平低，體內的卵泡生成素、黃體生成素高。患者需額外補充雌激素，可做人工週期，但需考慮到宮頸風險和乳腺風險，補充過程中要密切關注宮頸和乳腺，包括下肢深靜脈血栓的問題，雌激素水平升高以後會導致很多問題。

如果雌激素水平降低是因為中樞來源，如垂體或下丘腦異常，可使用GnRH泵泵入激素改善垂體的功能。部分垂體功能正常即可改善低下的卵巢功能，很好的補充體內雌激素，使卵巢合成雌激素增快，雌激素分泌後正常排卵，卵巢功能均可緩慢恢復。如果純粹因為卵巢功能下降導致的雌激素水平下降，只能額外補充激素。