系統性紅斑狼瘡首選藥物治療包括糖皮質激素和硫酸羥氯喹，為治療基礎。具體選用的治療方案需根據病情進行個體化評估，再進行干預治療，具體如下：

一、單純關節相關症狀：

可應用非甾體抗炎藥羥氯喹，使用針對關節的藥物進行治療即可，甚至不需使用激素或小量激素即可。

二、累及臟器：

1、腎臟：如出現蛋白尿、血尿，導致狼瘡性腎病，需使用大劑量糖皮質激素，同時需加用環磷酰胺、嗎替麥考酚酯等免疫抑制劑，針對性治療系統性紅斑狼瘡性腎病；

2、神經：出現精神神經性紅斑狼瘡，也稱狼瘡性腦病，也需使用大劑量激素，甚至需衝擊劑量激素進行治療，同時需加用免疫抑制劑進行治療，包括環磷酰胺、他克莫司等；

3、血液系統：也需採取相應治療措施，包括激素，甚至使用生物製劑進行干預治療。