女性系統性紅斑狼瘡的妊娠指徵，主要參考紅斑狼瘡疾病活動情況，若疾病控制穩定時間>6個月，即可考慮妊娠。疾病控制時間越長、越穩定，妊娠期間發生風險越小。即便如此，仍有部分患者妊娠過程中出現疾病反覆以及病情的活動。

通常若系統紅斑狼瘡不存在重要臟器損傷，如精神神經狼瘡(狼瘡腦病)，或嚴重血液系統受累如明顯血小板下降，以及明顯狼瘡腎炎如尿蛋白水平極高等，皆為狼瘡妊娠禁忌症。治療時使用環磷酰胺、來氟米特、甲氨蝶呤等具致畸作用藥物均會影響狼瘡妊娠，通常建議停用此類藥物超過半年。若應用來氟米特，需使用消膽胺進行長時間洗脫後才建議妊娠。因此，妊娠對於存在風溼免疫病的患者，尤其是系統性紅斑狼瘡高危患者而言，需特別謹慎。