系統性紅斑狼瘡的嚴重後果為累及重要臟器，引起相應臟器功能不全導致功能障礙，或紅斑狼瘡在治療過程中應用藥物出現嚴重感染、肝腎功能不全等相關不良反應。系統性紅斑狼瘡可累及全身各個系統，具體如下：

1、中樞神經系統：可引起幻覺、頭痛、腦卒中等嚴重情況的發生；

2、血液系統：可出現嚴重血小板減少、溶血性貧血等；

3、呼吸系統：可出現狼瘡性肺炎、間質病變、肺動脈高壓等危及生命；

4、腎臟病變：狼瘡腎炎可分為6型，對於Ⅲ型、Ⅳ型的增殖型狼瘡腎炎，通常可在短期內引起腎臟急劇病變，導致高血壓、血尿、蛋白尿等影響腎臟功能。

系統性紅斑狼瘡治療過程中可應用激素、免疫製劑、生物製劑等藥物，在攻擊疾病過程中可造成機體其它損傷，如感染、嚴重肝腎功能不全等。