三種腦炎的腦脊液鑑別，在臨床上最常見的三種腦炎是化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎和病毒性腦膜炎。這三種腦炎的鑑別，主要分為壓力、蛋白質、葡萄糖和氯化物。在壓力和蛋白質方面，這三種腦炎都升高，但是升高的最明顯的是化膿性腦膜炎，接著是結核性腦膜炎，然後是病毒性腦膜炎。

在葡萄糖和氯化物方面，化膿性腦膜炎和結核性腦膜炎都下降，而病毒性腦膜炎基本上是在正常範圍之內。在白細胞計數方面，化膿性腦膜炎顯著增高，且多為中性粒細胞，而結核性腦膜炎也是顯著升高，但是多為淋巴細胞，病毒性腦炎也是多為淋巴細胞。