化膿性腦炎一般的療程的大約是在7-14天能好，對化膿性腦炎的預後和致病菌以及病人身體狀況，還有早期是否進行有效的抗生素治療都有直接的相關性。臨床上以肺炎球菌導致的化膿性腦炎比較多，可以給予病人抗生素治療之後，大約10-14天病人的症狀就可以得到明顯的減輕。

革蘭氏陰性桿菌導致的化膿性腦炎，病人的病程略為長些，大約會在3周左右。對於化膿性腦炎儘管抗生素的研製已經有很大進步，但是臨床上仍有部分化膿性腦炎的患者會出現生命危險，也有部分化膿性腦炎腦膜炎的病人會留有神經功能缺損的症狀。