核磁共振可以確診肝囊腫，核磁共振是目前判斷肝臟佔位性疾病最為靈敏、最為特異的一種影像學檢查方法。肝囊腫屬於一種良性的病變，內部為液體，在核磁共振上，T2項可以表現為非常亮的一種圓形或類圓形的病灶，可以很清楚地進行確診。而部分實性或性質不明的病灶，可以通過打造影劑、對比增強劑，在核磁共振上進一步來確診病灶的性質。

肝臟佔位性疾病包括有肝囊腫、肝臟的良性腫瘤、肝臟的惡性腫瘤，以及某些轉移到肝臟或是壓迫肝臟的腹腔內的疾病，都可以通過核磁共振來確診。核磁共振還可以判斷肝內膽管以及肝外膽管的走行情況，是否有梗阻，是否有引起膽管狹窄、擴張的病因，包括結石、腫瘤等，配合增強造影劑，可以進一步確診肝臟、膽道疾病的性質。