肝囊腫是一種良性病變，不會癌變，治癒與否對身體沒有太大影響。做B超檢查時，B超醫生檢查後可發現在肝臟有1-2個小囊腫，直徑為幾毫米，手術切除的代價相對較大。先天性肝囊腫病人做CT後，CT上可見肝臟中佈滿大小不等的囊腫，最大的可達到10-20cm。巨大的肝囊腫可對病人的肝臟進行壓迫，從而導致肝功能改變和異常，這種情況下可採取外科手術治療。

外科手術的方法很簡單，給囊腫開窗，在囊腫的頂上打一個小孔，囊腫中含有清亮的液體，抽乾淨囊液後，用電刀將囊腫壁燒灼，將囊腫壁細胞燒壞。先天性肝囊腫很多，有幾十個甚至上百個，其餘小的囊腫通常不進行特殊處理，所以完全治癒的可能性很小。