肝囊腫介入治療後有復發風險，但復發幾率不高。肝囊腫介入治療復發的機理跟操作過程、操作方法有關。超聲引導下的肝囊腫穿刺硬化治療與外科手術治療機理截然不同，外科手術治療是將整個肝囊腫全部挖掉，超聲引導下是進行穿刺把囊腫裡的液體拿掉，但液體外面的囊壁還存在，就相當於氣球把內的氣體放掉後，氣球仍存在，因此有可能造成復發。

復發原因較多，因為囊腫內的液體抽掉後，囊腫內呈相對低壓狀態，有可能周圍液體滲出後會使囊腫成低窪地，導致液體灌到囊腫。但若處理好，復發幾率相對較少，將液體抽掉後還會注射打硬化劑，打硬化劑的目的是使囊壁完全硬化、壞死，分泌的液體可能因藥物作用也無法分泌。因此只要做好介入治療，肝囊腫復發幾率還是比較少。