肝囊腫術後的併發症主要包括以下幾種：
1、出血：肝切除、單純肝囊腫切除、囊腫開窗及囊腫引流術後均可發生出血。出血部位主要是肝斷面、肝臟與囊腫剝離面、囊壁邊緣；
2、膽瘻：肝切除斷面、囊腫剝離面、囊腫內壁均可產生膽瘻；
3、感染：包括囊腫腔內感染及切口感染；
4、肝功能不全：對於多囊肝晚期患者及巨大肝囊腫，經肝葉切除、囊腫切除及開窗手術後均可能導致肝功能不全；
5、肝囊腫復發：孤立性肝囊腫治療效果較好，術後極少復發，多發性肝囊腫術後較容易復發，但是大部分肝臟手術預後良好，很少出現嚴重併發症。
預防肝囊腫術後出現各種併發症，患者需要到正規醫院進行診斷治療，這樣才能更有保障。除此以外患者術後需要聽從醫生建議，及時複診，確保正常休息和規律飲食。