肝囊腫本身多為良性疾病，外科學基本原則為小於5cm肝囊腫不需要做任何處理，只需要觀察，無需吃藥、打針。而當肝囊腫達到5cm以上時，而且還在迅速生長，一般建議患者進行手術治療。一般超過5cm以後，囊腫越小術後復發幾率相對而言越低，囊腫越大復發幾率越高。囊腫越小，手術風險也相應越低，囊腫越大則手術風險也會略有增加。所以，外科學基本原則是大於5cm以上，還在繼續生長的肝囊腫需要處理。

此外，肝囊腫術後出院時間與患者身體有關，手術順利時，觀察1-2天沒有明顯出血，患者即可出院。如果患者身體比較差，手術以後有滲液，可能有少量出血，觀察時間會略微延長。但整體而言患者住院時間都不會過長，一般不超過3-5天。