多數肝細胞腺瘤患者無明顯症狀。其臨床症狀與位置有關，腫瘤位置靠近包膜，可刺激、牽拉肝臟包膜，出現不適甚至疼痛症狀。其症狀與大小關係也較密切，腫瘤較大壓迫膽管，影響肝臟功能，可出現黃疸或其他肝功能損傷，膽紅素升高可致白睛發黃、大便顏色變白、皮膚黃染，轉氨酶升高可引起患者消化道不適。腫瘤較小者不產生任何症狀，稱為亞臨床期。