對於大部分囊腫不需要治療，但是對於有併發症的，比如有感染、出血、壓迫症狀，可能需要治療。治療方面主要有：手術治療；保守治療。手術治療在過去採取開刀的辦法，但創傷很大，現在基本不用。因為現在微創技術發展的很快，現在主要是做腹腔鏡下肝囊腫開窗引流，相當於把房子屋頂掀掉一樣，把頸部去掉，讓囊液流出來。如果將來再繼續產生囊液，可以通過大網膜腹膜吸收掉，則不會再形成包裹。

有些人不願意採取手術治療，會選擇穿刺引流，比如注射無水酒精硬化劑，希望達到縮小囊腫的目的。但是因為囊壁沒有完全去掉，單純引流管子拔掉之後，裡面的囊液還會再產生，囊腫會又回到原來那麼大，沒效果，也不經常用。另外有些人或者有些醫生，可能會打硬化劑，比如無水酒精，但打入硬化劑之後會導致囊壁壞死。如果繼發感染，裡邊會形成感染壞死的東西，很難處理，過去遇到很多這種情況。所以現在硬化劑注射一般不太採用。