腎囊腫可以由很多原因引起：

1、先天遺傳因素是腎囊腫最常見的原因之一；

2、基因突變也引起腎囊腫的發病原因之一；

3、各種中毒對腎臟的損傷，例如常見的毒物，有農藥、化學制劑、放射線、汙染等等；

4、有些感染的原因產生了有利於腎囊腫基因變化的因素，也可引起腎囊腫；

5、現代醫學研究證明，不良的情緒變化也是誘發腎囊腫發生的因素之一。