原發性的舌咽神經痛發病的原因尚未明確，最常見的主要有三種類型。具體如下：

1、炎症：神經周圍炎，尤其是舌咽神經周圍出現炎症侵襲；

2、感染：出現腦膜炎、全身性感染之後，會繼發舌咽神經痛；

3、壓迫：神經和血管相鄰，可能壓迫導致發生舌咽神經痛。

患者出現舌咽神經痛後，應到不同的科室鑑別，比如做頭部核磁，明確舌咽神經周邊有沒有腫瘤或者炎症情況出現。患者是否存在自身營養功能、免疫異常。明確診斷後，可針對不同的病因進行相應的治療和處理。