舌咽神經痛的治療包括藥物治療、封閉治療以及手術治療。藥物治療中，普通的止疼藥效果不好，一般認為需要應用卡馬西平或奧卡西平這類阻斷神經傳導的藥物，對於部分引起心源性休克暈厥的病人，需及時進行搶救。舌咽神經痛的手術治療主要有幾種方式，包括舌咽神經熱凝固術、舌咽神經微血管減壓手術、舌咽神經離斷和迷走神經上根的離斷手術。目前主流方式是微血管減壓手術，主要是在耳後開一個4cm左右大小的切口，再開一個一元硬幣大小的骨窗，通過正常的解剖間隙到達舌咽神經出腦幹的部位，此部位如果有血管壓迫則進行微血管減壓手術，通過墊棉將神經和血管隔開之後，血管不在神經根部跳動。如果在手術中沒有發現血管的壓迫，則進行舌咽神經離斷手術，同時做迷走神經上根離斷手術，手術之後可能會出現一些併發症。單純的微血管減壓術，一般認為術後的併發症較少，舌咽神經的離斷和迷走神經上根的離斷手術，可能會出現乾咳、咽部異物感或吞嚥困難。因此在手術做探查，發現有血管壓迫時，還是做微血管減壓手術，如果未發現此血管，可以考慮做上述手術治療。