舌咽神經痛發病早期，疼痛輕微，可吃卡馬西平、奧卡西平類藥物，抑制神經傳導衝動，緩解疼痛，但不能根治。隨著病程延長，疼痛越重，頻率越高，範圍可能逐漸擴展。首選針對病因的治療，採取舌咽神經根部減壓術，或者採取舌咽神經選擇性切斷術、射頻消融術等進行治療。