髓母細胞瘤主要原因為基因變異，髓母細胞瘤是兒童常見為後顱窩、小腦腫瘤。目前每例髓母細胞瘤兒童基因檢測，發現基本上都屬於後天性基因變異，遺傳性非常少。每個人生下來體內都有癌基因、抑癌基因，如果免疫監視系統出問題，抑癌基因不足以抑制癌基因，癌基因激活，激活後就會產生癌細胞。一般環境因素、飲食、病毒感染都可能造成癌基因激活。

目前裝修汙染、甲醛都可能引起，飲食方面，如果變質食物裡面含細菌或病毒，都可能引起髓母細胞瘤。因此，引起髓母細胞瘤原因目前雖然不能完全明確，但應儘量預防類似問題。還有體質問題，即易感體質，因為人群都生活在共同環境中，大部分兒童都健康，只有少部分兒童有問題，故可能與體質有關。但總體而言，主要傾向與基因有關。