髓母細胞瘤屬於胚胎性腫瘤，是胚胎細胞殘餘發展而來，所以最常見部位起源於小腦後髓帆，最關鍵部位在小腦蚓部。隨著腫瘤長大，可能會出現偏側性生長，即向左或者向右增長，甚至長出第四腦室。因為腫瘤生長，趨向性是哪裡空間大、壓力小，其就往哪裡長，所以會出現偏側症狀，一側多一側少。

髓母細胞瘤的部位主要是小腦蚓，但有時也會出現偏側，在小腦蚓部長出以後，往左側或者右側小腦半球發展，甚至有時可以看到其純粹在小腦半球出現，但這種很少見。最常見的部位是在小腦蚓部，但因為髓母細胞瘤是以胚胎性腫瘤存在，所以其起源於後髓帆的殘餘組織。