髓母細胞瘤通常屬於胚胎性高度惡性腫瘤，目前尚無法完全根治，但經過近10-20年的綜合努力、科技發展以及治療手段的進步，髓母細胞瘤預後較以前有明顯改善，五年生存率可達到30%-40%，但還達不到根治。髓母細胞瘤屬於惡性腫瘤，復發後會可能會迅速惡化，預後較差。

髓母細胞瘤有些惡性程度較高，根據分子類型分成四型，即Group3、Group4、SHH型、WNT型。效果最好的是WNT型，該類型的五年生存率達50%-60%，所以是預後最好的類型，但是不管怎樣，遲早都會復發，但能通過目前手段延緩其復發，手術後病情恢復、穩定，儘早做放療、化療，要長期嚴格隨診。