腎囊腫一般不會疼，但是如果囊腫比較大，或者腦內有出血、感染時，也會出現疼痛。這種疼痛，一般是以隱痛、脹痛為主，很少會出現銳痛、絞痛的情況。腎囊腫是由膨大的腎小管憩室長大而來，腎小管憩室在長大的過程中會和腎小管分離，形成獨立的囊泡，囊泡會不斷分泌囊液。隨著囊液的不斷分泌，囊腫會逐漸增大，大到一定程度，會壓迫病人的腎盂，或者牽拉腎包膜，這時病人就可能感覺到腰部隱痛、脹痛等。

另外腎囊腫一旦出現出血，囊內會出現疼痛的情況。囊內有感染時，病人也會感覺到腎囊腫的疼痛。所以如果出現了腎囊腫，而且懷疑有腎囊腫疼痛，這時主要是要找到疼痛的原因，然後給予相應的治療。如果有出血，可以考慮給予止血藥物。如果有感染，可能還會有發熱的情況，通常會選擇給抗菌素治療。