腎囊腫通常不會造成尿隱血，即尿中出現紅細胞的現象。腎囊腫為遠曲小管堵塞，即腎臟通過曲折的管道，最後生產出尿液，稱為原尿。當管道遠端被堵後，而且為微小的管道堵塞，管道里的原尿越積越多，最後容易形成腎臟的囊腫。囊腫一旦形成，其與泌尿系的腎盂集合系統分離，兩者互不相通，因此即使腎囊腫內出現感染、出血狀況，也不至於造成尿路里出現紅細胞。

腎囊腫在臨床上並沒有特殊的症狀，少部分患者可能出現同側腎臟區域疼痛，但出現的比例比較小，更多是根據CT上腎囊腫的大小決定進一步的治療方案。如果在尿中發現有隱血現象，通常應進行泌尿系的B超、尿相差顯微鏡等常規尿隱血篩查，而並非先排查腎囊腫疾病。