複雜性腎囊腫是相對單純性的腎囊腫疾病，單純性腎囊腫從影像學判斷比較簡單，比如單發腎囊腫。如果腎囊腫具有多發性，並且部分囊腫伴有囊壁鈣化、腎囊腫分隔或者腎囊腫出血，部分腎囊腫囊液不清亮，比較渾濁，影像學判斷比較複雜，則稱為複雜性腎囊腫。

如果複雜性腎囊腫級別比較高，可能為囊性腎癌或者複雜性腎囊腫，伴有出血、疼痛。部分複雜性腎囊腫較大，比如>4cm，並且出現腰痛的情況，則建議手術治療。目前複雜性腎囊腫可以通過微創手術治療，比如腹腔鏡手術、機器人腹腔鏡手術，而且複雜性腎囊腫非囊性腎癌的可能性較高，其預後較好。