小孩發生腎囊腫的原因有以下幾種：

1、遺傳因素：如父母或三代以內的直系親屬存在腎囊腫，則小孩發生腎囊腫的幾率要比其他同齡人高；

2、化學因素：部分小孩發生腎囊腫與母親妊娠期間接觸過特殊藥物、化學試劑、放射線有關，導致其腎臟在發育過程中出現異常，引起先天性腎囊腫；

3、泌尿系統炎症：例如小孩存在泌尿道感染或膀胱炎，當局部炎症未能及時控制，出現逆行感染導致腎炎或腎盂腎炎，當炎症逐漸擴散後，就會在腎小球內形成細石，最後會在局部形成囊腫。這主要是炎症侵襲腎實質，引起局部組織壞死而形成，需要積極進行抗炎治療，同時需要改善腎循環。