腎囊腫一般不會引起蛋白尿，但當囊腫長到足夠大，影響到腎臟正常形態時，有可能出現尿蛋白。腎囊腫是由膨大的腎小管憩室組成，膨大的腎小管憩室隨著囊液的分泌會逐漸增大，最後發展到腎囊腫。

在腎囊腫比較小時，囊腫內部就是囊液，對腎臟的實質沒有太大的壓迫作用，也不會引起腎臟功能的改變，所以一般不會出現尿蛋白。而且腎囊腫相當於腎小管的畸形，對腎小球的濾過功能沒有影響，也不會破壞腎小球的濾過膜，不會讓中大分子進入到原尿中，也不會影響到腎小管的重吸收。從這個意義上，腎囊腫不會引起尿蛋白。

但如果囊腫長得足夠大，壓迫到整個腎臟的實質，導致腎臟的形態和功能發生改變，病人就有可能出現尿蛋白。