輸尿管結石的主要臨床病理損傷是會導致結石以上的尿路積水，也就是會導致結石以上的輸尿管以及腎盂積水，會導致腎盂內的壓力逐漸升高，進而使腎功能受損。所以輸尿管結石的主要危害，是會導致單側腎功能損傷。

如果在使用藥物治療時結石無法排出，患者需要考慮通過體外衝擊波碎石或者做內鏡手術來治療。輸尿管上段結石，如果結石直徑在0.6-1cm，患者可以選擇體外衝擊波碎石。體外衝擊波碎石失敗或者結石直徑大於1cm，患者可以選擇做輸尿管鏡或者輸尿管軟鏡的碎石方式。輸尿管下段結石的患者，首選輸尿管鏡碎石。