部分肛周膿腫患者可能需要二次手術，大部分患者膿腫感染可能不是特別嚴重，相對比較簡單都可以一次性解決。但是對於膿腫範圍較大、感染較深的患者，可能需要進行分次手術，需要二次或者三次手術。

通常第一次手術先進行切開引流，一段時間以後，肛周膿腫會形成瘻管，數月以後，將瘻管和內口一起解決，這就是二次手術。但是有些患者，由於瘻管跨越肛門括約肌比較多，可能不能一次性切斷，切斷後會導致患者肛門失禁，這時候可能還需要進行肛瘻掛線手術。對肛瘻掛線，目前通常有兩種，虛掛線和實掛線，虛掛線還需要一次手術才能徹底解決，但是虛掛線由於不是勒著肛門括約肌，病人可能不是特別疼痛。

對於實掛線，通常是由橡皮筋逐漸的勒斷慢性切割肛門的括約肌，這時候病人術後可能有一段時間肛門比較疼痛，墜脹感比較明顯。總體而言，大部分肛周膿腫可以一次性解決，對於位置較高、膿腫較深、範圍較大、內口不是特別清楚的肛周膿腫，可能需要二次或多次手術。