肛周膿腫想要治癒，需要行肛周膿腫的根治術，普通的切排手術容易形成肛瘻。切排手術顧名思義是將肛周膿腫的表面進行切開，將膿液排出，然後置入紗條換藥即可。因為在切排手術的時候，沒有尋及肛周膿腫的內口或者潛在的內口，所以以後形成肛瘻的可能性非常大。

肛周膿腫的根治術要尋及到潛在的內口，將切口一直切到其內口處，多選擇在齒狀線以下或者在齒狀線附近。如果內口的位置比較高，在齒狀線以上則需要行肛周膿腫掛線術，因為一期完全切開以後容易導致肛門失禁等情況的發生。