目前肛周膿腫沒有微創手術，在臨床上，如果患者診斷為肛周膿腫，一旦診斷明確，就要隨即行切開引流術。手術的方式因為患者的肛周膿腫的部位不同，而有所差別。肛周膿腫位置如果比較表淺，在局麻下進行肛周膿腫切開引流術便可，而且要與肛門呈放射狀的切口，不需要進行填塞，只需要保留引流通暢便可。

如果患者的肛周膿腫位置比較深，需要在腰麻或者骶管麻醉下進行，而且要在壓痛最明顯處先用粗針頭做穿刺，抽出膿液以後，在該處作一平行於肛緣的弧形切口，而且切口要足夠的長，並且要打開膿腔，徹底的進行引流。在臨床上許多的醫生採取切開引流加上掛線術，這樣可以使膿腫完全敞開，引流更通暢，而且避免二次的肛瘻手術造成患者的痛苦。