肛周膿腫切開引流術後流膿時間的長短，主要根據膿腔大小而定，如果膿腔較小，可能流膿一週左右；如果膿腔比較大或者有多個膿腔同時存在，流膿的時間可能較長，需要兩週左右。期間需要注意局部傷口的換藥和引流，可以選擇油紗條放置於傷口內促進引流，如果膿腔引流通暢，傷口癒合較快。

如果膿腔較大或者位置較深，也可以放置引流管，肛周膿腫單純的切開引流術可能形成肛瘻，需要進一步進行二次手術，主要選擇肛瘻切開掛線術。如果肛周膿腫急性發作期間，最好直接進行肛周膿腫一次性根治手術。