肛周膿腫患者可以選擇抗生素的種類是非常多的，比如頭孢哌酮、頭孢哌酮舒巴坦鈉、美洛西林、阿莫西林克拉維酸鉀、左氧氟沙星等常見的抗生素都可以用。但是對於肛周膿腫的患者，正規的醫院從專業的角度來考慮都會把患者的膿液送到檢驗科去進行培養。

要看患者的膿液對哪一種抗生素最敏感，就選用哪一種抗生素，比如患者進行膿液培養，培養出來發現其膿液對阿莫西林、頭孢哌酮非常敏感，而對左氧氟沙星抗生素並不敏感。這時如果選用阿莫西林或者頭孢哌酮，效果就會非常好；如果選用不敏感的抗生素左氧氟沙星，往往不會起到很好的消炎的作用。