肛瘻手術後出現復發的原因有兩個：一、手術不完全；二、出現了再次感染的情況。

肛瘻手術的目的是將瘻管以及瘻口切開進行治療，有些肛瘻症狀會表現出兩個及兩個以上的瘻口，在進行肛瘻手術時如果瘻口切除不完全出現殘留的瘻口，這些殘留的瘻口很容易受到細菌的感染，再次出現化膿性病變，從而造成肛瘻復發的可能性。

在肛瘻手術後如果患者不注意改善飲食以及生活作息習慣，導致直腸末端再次出現細菌感染或者再次形成肛周膿腫症狀，都會導致肛瘻出現復發的現象，所以手術治療肛瘻並不是一勞永逸的，平時注意控制誘發因素才是關鍵。