高位複雜性肛瘻有一定複發率，根據國內外文獻報道，我國肛瘻術後複發率大約為3%-18%。在有經驗的肛腸中心，肛瘻術後複發率較低，僅為2%-3%，術後復發原因有很多：

1、比如內口是病變發生的根源，由於疾病本身的複雜性，可能有很多個內口，如果沒有處理好內口或者處理時有遺漏，可以導致復發；

2、術中有支管殘留，手術中根本探查不到；

3、比如術後換藥不到位形成假性癒合；

4、瘻管的位置太高，為保護肛門功能，在切開引流的時候沒有進行根治術；

5、一些疾病容易誘發肛瘻，如糖尿病、炎症性腸病、結核病，沒有積極治療，或者原發病治療不徹底，可以導致復發。

排除手術的原因，肛瘻是由肛腺感染引起的，手術治療後的肛腺通常不會再發肛瘻，而沒做手術的肛腺還有再感染的風險，所以嚴格上講不能稱之為復發，只能說是再發。所以我們一定要注意保持肛門衛生，注意生活上飲食清淡，規律作息，以防止肛瘻的再發和復發。