肛瘻一旦確診，唯一的辦法是通過手術治療。肛門裡面大約1.5cm左右的腸壁上的一個腺體，稱為肛竇，肛竇感染導致肛周膿腫。膿腫破潰或者炎症消退一些之後會形成管道，稱之為肛瘻。

臨床常見表現是肛門外有一個小孔，它在流膿，稱之為外口。但是疾病的根源在於肛門裡面腸壁上感染的腺體，一旦感染，相當於腸壁上有一個小洞，如果裡面的小洞，即內口不處理，肛瘻會反覆發作。目前任何的藥物都無法讓內口自行的癒合，所以一旦確診是肛瘻，都需要到正規的肛腸專科進行檢查，通過手術進行治療。