成人標準是6mm以上的結石需進行碎石，而小兒輸尿管更細，可能3-4mm的結石均無法排出，此時需進行碎石。小兒輸尿管結石碎石屬於較難的問題，因體外碎石機多數為針對成年人而設置，能量較大，敲擊次數較多，故小兒的體外碎石尚在摸索中。

對小兒進行體外碎石，通常需將能量調低，次數減少，主要針對於結石較大的小兒。若結石屬於感染性結石或者尿酸性結石，通過鹼化尿液，結石可能變小，從而自行排出。