惡性胸腺瘤易發生轉移，常見的轉移部位有心包、胸腔、肺、骨、肝、腦等，轉移到相應器官可產生相對應的症狀和表現。如轉移到肺，可能出現咳嗽、痰血等；轉移到腦出現頭痛等；轉移到骨出現骨痛等；轉移到腎和腎上腺，也會形成相應的器官受損症狀；轉移到心包和胸腔，形成心包積液和胸腔積液，對患者心肺功能有影響，通常表現為胸悶、氣急等症狀。
部分患者出現轉移之後，可出現伴癌綜合徵，常見的表現是重症肌無力。胸腺癌是以前的C型胸腺瘤，轉移更為常見，同樣有對應的肝、骨、肺、腦等器官症狀，也可能沒有症狀，僅在CT檢查時被發現。